Unfähig zu Reformen brach die DDR im 40. Jahr ihres Bestehens zusammen. Die Einführung der Marktwirtschaft veränderte die Industrie und Landwirtschaft grundlegend. Hohe Arbeitslosigkeit und geringe Löhne führten zu einer starken Abwanderung insbesondere von jungen Menschen.
Die Krise des sozialistischen Systems und die ökonomische Stagnation führten im Sommer 1989 zu einer Ausreisewelle über die offene ungarisch-österreichische Grenze. Friedliche Massenproteste folgten, die durch Christen geprägt wurden. Viele von ihnen hatten sich seit den 1970er Jahren unter dem Dach der Kirche gesammelt. Der DDR gegenüber standen sie in einer kulturellen und politischen Opposition.
Nach dem Fall der Mauer am 9. November 1989 scheiterten alle Versuche, die DDR durch Reformen zu retten. Unter maßgeblicher Beteiligung von Christen entstanden auf allen Ebenen „Runde Tische“. Am 1. Juli 1990 erfolgte die Einführung der DM und am 3. Oktober 1990 der Beitritt zur BRD. Die Privatisierung des volkseigenen und genossenschaftlichen Vermögens begann. Das Land Mecklenburg-Vorpommern entstand. Mehrere Pastoren wechselten in die Politik. Das Verhältnis zwischen Staat und Kirche regelt seit 1994 der Güstrower Vertrag, wodurch u.a. der Erhalt vieler kirchlicher Baudenkmäler ermöglicht wurde. In zahlreichen Dörfern bildeten sich Vereine, in denen sich Gemeindemitglieder für die Sanierung ihrer Kirchen einsetzten.
Die Deindustrialisierung und die Umstrukturierung der Landwirtschaft führten zu einer hohen Arbeitslosigkeit, vor allem auf dem Lande. Viele junge Leute verließen ihre Heimat. Zahlreiche Pfarren wurden aufgegeben. Während für viele Pastoren die Zahl der zu betreuenden Kirchengemeinden wuchs, sinkt die Anzahl der Mitglieder bis heute. Im Jahr 2006 hatte die Evangelisch-Lutherische Landeskirche 208.532 Gemeindemitglieder, von denen sich 11.645 im Ehrenamt engagierten. Insgesamt sind die 332 Gemeinden in 34 Propsteien bzw. 5 Kirchenkreisen zusammengefasst.
Die Leitung der Landeskirche erfolgt durch das Zusammenwirken von Landessynode, Oberkirchenrat, Landesbischof und Kirchenleitung. Alle Organe sind trotz eigenständiger Kompetenzen durch ein komplexes demokratisches System aneinander gebunden. Es besteht kein Über- oder Unterordnungsprinzip.
Am 5. Februar 2009 unterzeichneten die Nordelbische Evangelisch-Lutherische Kirche, die Pommersche Kirche und die Evangelisch-Lutherische Landeskirche Mecklenburgs in Ratzeburg einen Fusionsvertrag. Mit diesem Abkommen bildeten die drei Kirchen den „Verband der Evangelisch-Lutherischen Kirchen in Norddeutschland“ . Damit wurde der Weg für den Zusammenschluss zu einer vereinten Nordkirche bereitet.